OSDC — Open Source Diabetes Classifier

Klassificering af diabetestype i danske registerdata

Published

June 6, 2026

OSDC er en open source-algoritme, der klassificerer alle personer i Danmark som havende type 1-diabetes (T1D), type 2-diabetes (T2D) eller ingen diabetes, ud fra data i de nationale registre.

Artikel: doi:10.2147/CLEP.S407019 Dokumentation og kode: steno-aarhus.github.io/osdc

Hvad giver OSDC dig?

En færdigberegnet population med: - Diabetestype: T1D, T2D eller ingen diabetes - Debutdato: hvornår diabetesbetingelserne første gang var opfyldt - Alder ved debut

Klassifikationen bygger på en kombination af diagnosekoder (LPR), medicinoplysninger (LMDB) og laboratoriesvar.

Hvornår bruges det?

  • Til at definere en diabetes-population som eksponering eller inklusionskriterium
  • Til at ekskludere diabetespatienter fra en kontrolgruppe
  • Til at klassificere type — LPR alene er ikke tilstrækkeligt til at skelne T1D fra T2D pålideligt

Sådan bruges OSDC

DARTER — projekt 708421 (færdigberegnet fil)

På DARTER er OSDC-klassifikationen allerede beregnet og klar som en .rds-fil. Du behøver ikke køre algoritmen selv.

# Indlæs den færdigberegnede klassifikation:
dm_pop <- readRDS("E:/workdata/708421/cleaned-data/diabetes-register-pop/dm_population_1977_2022.rds")

names(dm_pop)
# [1] "PNR"           "diabetes_type"  "do_dm"          "age_at_onset"

library(dplyr)
dm_pop <- dm_pop %>% rename(pnr = PNR)   # omdøb PNR til lowercase pnr

# diabetes_type: 1 = T1D, 2 = T2D  |  do_dm: debutdato
Eksempel: filtrer til T1D-patienter 
t1d <- dm_pop %>%
  filter(diabetes_type == 1) %>%
  select(pnr, diabetes_type, do_dm) %>%
  rename(date_diabetes = do_dm)

Andre projekter — kør algoritmen selv

Hvis din OSDC-klassifikation ikke er præberegnet, skal du køre algoritmen selv.

Warning

Er OSDC-pakken tilgængelig på DST for dit projekt? Det er endnu ikke bekræftet om osdc-pakken (GitHub: steno-aarhus/osdc) er tilgængelig i dit projekts CRAN-snapshot. Tjek med "osdc" %in% rownames(installed.packages()) på serveren. Hvis den ikke er der, skal den importeres via din datamanager.

Se dokumentation og installationsvejledning på steno-aarhus.github.io/osdc.

Dækning og begrænsninger

  • DARTER-versionen dækker diagnoser frem til 2022 — tjek hvornår din version er beregnet
  • Klassificerer alle personer i Danmark — ikke kun din kohorte
  • Bruger LPR, LMDB og laboratoriesvar — kræver adgang til disse registre

Se den fulde metodebeskrivelse i artiklen og dokumentationssitet.

Næste skridt

Back to top