DARTER — Registersti og datastores

Bekræftede stier og adgangsmetoder for alle registre på projekt 708421

Published

June 6, 2026

Warning

Tjek modificeringsdato på cleaned-data inden du kører pipeline.

file.info("E:/workdata/708421/cleaned-data/parquet-registers/")$mtime

Registrene er ikke nødvendigvis opdateret til i dag. Bekræft at dækning matcher din studieperiode.

Basestier

# Alle stier bruges som konstanter øverst i scripts
path_parquet_reg  <- "E:/workdata/708421/cleaned-data/parquet-registers/"
path_parquet_ext  <- "E:/workdata/708421/cleaned-data/parquet-external/"
path_dm_pop       <- "E:/workdata/708421/cleaned-data/diabetes-register-pop/dm_population_1977_2022.rds"
path_output       <- "E:/workdata/708421/workspaces/[ditNavn]/BS_demens/datasets/"

Oversigt — alle registre på projekt 708421

Alle bekræftet via colnames() på DST-serveren 2026-05-15. De fleste registre er opdateret til slutningen af 2024 pr. 2026 (Anders Aasted Isaksen/DARTER-team). Kolonnenavne vises efter rename_with(tolower).

Register Adgang Join-nøgle Periode Kritisk kolonne
BEF load_database("bef") pnr Alle år koen, foed_dag, familie_id
DODSAARS load_database("dodsaars") pnr ~1970–2001 d_dodsdto (dødsdato)
DOD ikke i cleaned-data pnr ~2001–2024 doddato — se udtræksguide
VNDS load_database("vnds") pnr Alle år indud_kode, haend_dato
LPR2 kontakter load_database("lpr_adm") recnum Frem til marts 2019 d_inddto, c_pattype
LPR2 diagnoser load_database("lpr_diag") recnum Frem til marts 2019 c_diag, c_diagtype
LPR2 psyk kontakter load_database("t_psyk_adm") k_recnum → recnum 1995–marts 2019 v_cpr → pnr
LPR2 psyk diagnoser load_database("t_psyk_diag") v_recnum → recnum 1995–marts 2019 c_diag, c_diagtype
LPR3 kontakter load_database("lpr_a_kontakt") dw_ek_kontakt Marts 2019+ kont_starttidspunkt (datetime)
LPR3 diagnoser load_database("lpr_a_diagnose") dw_ek_kontakt Marts 2019+ diag_kode, diag_kode_type, senere_afkraeftet
LPR3 procedurer load_database("procedurer_kirurgi") dw_ek_forloeb 2019+ procedurekode, dato_start
LPR2 procedurer load_database("lpr_sksopr") recnum 1996–2018 c_opr, d_odto
LMDB load_database("lmdb") pnr Ca. 1994+ atc, eksd
UDDA load_database("udda") pnr Alle år hfaudd, aar
FAIK load_database("faik") familie_id Alle år famaekvivadisp_13
AKM load_database("akm") pnr Alle år socio13, aar
DBSO load_database("dbso") pnr 2010+ datoper_prim, kirurgi-flag
OSDC readRDS(path_dm_pop) PNR → rename til pnr 1977–2022 diabetes_type, do_dm
Laboratoriesvar load_database("laboratorieproevesvar_") pnr Ca. 1994+ npu, samplingdato, samplevalue (character)

Kritiske noter

DODSAARS og DOD: dodsaars er i cleaned-data men dækker kun ~1970–2001. For post-2001 dødsfald kræves udtræk fra rå SAS-fil — kontakt din datamanager. Se faldgrube 1.

LPR3 — duplikatrisiko: lpr_a_kontakt og lpr_a_diagnose indeholder data fra to formater (LPR_F og LPR_A). Filtrer altid på lprindberetningssystem == "LPR3". Se faldgrube 5.

Laboratoriesvar — brug kun én kilde: laboratorieproevesvar_ erstatter lab_forsker/lab_dm_forsker. De gamle filer eksisterer stadig — brug kun én for at undgå duplikater. Se faldgrube 6.

procedurer_kirurgi: dw_ek_kontakt er NA for alle rækker på DST. Join til lpr_a_kontakt via dw_ek_forloeb for at hente pnr.

DBSO: Identifier-kolonnen hedder cpr i råparquet — omdøbt til pnr af 00_prepare_dbso.R. Al kode bruger pnr herefter.

OSDC: PNR er uppercase i rå fil — rename med rename(pnr = PNR) efter indlæsning.

Indlæsningsskabeloner

library(dstDataPrep)   # load_database() — adgang til DST-registre
library(dplyr)         # rename_with, rename, left_join, select

# Standard register — parquet via load_database:
bef <- load_database("bef") %>% rename_with(tolower)   # doven forbindelse; lowercase kolonner

# Psykiatrisk LPR2 — kræver rename af v_cpr og k_recnum:
psyk_adm <- load_database("t_psyk_adm") %>%
  rename_with(tolower) %>%                          # lowercase kolonner
  rename(pnr = v_cpr, recnum = k_recnum)            # v_cpr → pnr; k_recnum → recnum

# DBSO — parquet-external (konverteret fra SAS via 00_prepare_dbso.R):
dbso <- load_database("dbso") %>% rename_with(tolower)   # doven forbindelse

# OSDC — RDS-fil med præberegnet diabetesklassifikation:
dm_pop <- readRDS(path_dm_pop) %>% rename(pnr = PNR)   # PNR er uppercase i råfil — omdøb

# LPR3 procedurer — join via dw_ek_forloeb (IKKE dw_ek_kontakt — er NA for alle rækker):
proc <- load_database("procedurer_kirurgi") %>%
  rename_with(tolower) %>%                          # lowercase kolonner
  left_join(
    load_database("lpr_a_kontakt") %>%
      rename_with(tolower) %>%
      select(dw_ek_forloeb, pnr),                  # hent pnr via forloeb-nøglen
    by = "dw_ek_forloeb"                            # join-nøgle — dw_ek_kontakt virker ikke
  )
# proc er stadig doven — tilføj filter() og collect() inden brug

Se også

Back to top